1.疱疹性口腔炎由单纯疱疹病毒引起，具有传染性，通过唾液传染，6个月至6岁的小儿比较常见，而且年龄越小，全身反应越剧烈，口腔症状也较重；手足口病是由多种肠道病毒引起的常见传染病，以婴幼儿发病为主，特别是4岁以下的宝宝容易得这种病。
2.疱疹性口腔炎与上呼吸道感染、肺炎等各种感染性疾病容易合并发生，冬季发病较多，发病时可有38℃至40℃的发热；手足口病一般起病前一两天发热，起病过程是中等热度发热(体温在39℃以下)，进而出现咽痛，手、足、口腔等部位的皮疹或疱疹。
3.疱疹性口腔炎在发热1至2天后，口腔内多部位黏膜上出现针头大小的透明小疱疹和溃疡，患儿常有局部疼痛伴流涎、烦躁哭闹、拒食吐奶等表现，通常1到2周即可消退；手足口病的口腔黏膜疹出现后，起初为粟米样斑丘疹或水疱，一周后疹子消退。
